净琉璃寺的境内，是参照平安时代（794-1185年）的净土庭园模式建造的。净土庭园，其设计理念是通过再现“净土世界”，实现对净土佛教世界观的理解。净琉璃寺的三重塔，建在太阳升起（生）的东方，而本堂则建在太阳下落（死）的西方。三重塔与本堂之间的池塘，不仅表现了隔绝此岸与彼岸的界海，同时也是阿弥陀世界（极乐）的象征。本堂和三重塔被指定为国宝。净琉璃寺也被称作“九体寺”，因为本堂内供奉了九尊阿弥陀佛像。